W miejscowości Szaflary znajdują się dwóch . Dwie jednostki medyczne: Marek Mateusz Król oraz Samodzielny Publiczny Gminny Ośrodek Zdrowia W Szaflarach wykonują badania w ramach kontraktu z NFZ. W pobliskich placówkach możliwe jest wykonanie badań specjalistycznych finansowanych z NFZ. Najbliższą Tomografię komputerową wykonać można w mieście Nowy Targ w poradni Pracownia Tomografii Komputerowej (Ul. Szpitalna 14), Prześwietlenia w jednostce medycznej Pracownia Tomografii Komputerowej w miejscowości Nowy Targ (Ul. Szpitalna 14), zaś Badanie Gastroskopowe w placówce Pracownia Endoskopowa w miejscowości Nowy Targ (Ul. Szpitalna 14).
Samodzielny Publiczny Gminny Ośrodek Zdrowia w Szaflarach
Poradnia Ginekologiczno-Położnicza

